《蓬萊島雜誌.net》的專欄內容

1、 「阿扁札記」，每週一篇。

2、社論，每週一篇。

3、名家專欄：每週二篇，邀請相關學者專家和過去執政團隊成員一同執筆。

4、焦點評論：針對焦點議題，每日一篇約500至800字的時事短評。

5、城市遠見：初步規劃分高雄、台南、台中、新北、台北五個單元，每週輪流一單元一篇。

6、專題系列：初步規劃四個專題，每週輪流一單元一篇。

• 建國之路：包括台灣國家定位、公投實踐、台灣新憲，最終的目標：草擬並推動2009年《台灣前途決議文 2.0版》。
• 國安報告：2006年「國安會」曾出版第一本《2006年國家安全報告》，透過單元連載最後成冊的方式，訂於2010年出版《2010年國家安全報告》。
• 自己寫課本：以台灣主體意識做為核心概念，針對歷史、地理、國文及公民等科課程內容全面檢討，研討並編寫一套適合國小、國中（國民義務教育）可以使用的教科書或課程大綱。
• 司法的「烏魯木齊」：過去八年的綠色執政，國民黨和統媒無所不用其極的把它扭曲成「無案不弊、每案必弊」，政黨輪替後，更運用檢、調和司法體系赤裸裸的假借「反貪腐」之名，進行政治清算、鬥爭與報復，製造了大量的錯案、假案與冤案，包括了過去的：高捷案、南科減震案、郭瑤琪「收賄」案，以及之後的扁案、蘇治芬案、陳明文案，甚至最近的高志鵬案，都有待全面進行檢視，還當事人一個清白，更要喚回歷史的公道。

7、 台灣通訊：結合民進黨各級黨部、公職辦公室、候選人競選總部、各民間社團（包括：北、中、南、東、客社，環保、醫界、勞工、農民、婦運、原運、教改、司改、文史工作室、藝文團體、個別基金會等等），彙整所有團體與單位所發的新聞稿與活動通知，即時予以全文刊登，使兼具「綠色中央通訊社」的功能，以服務建立起合作的關係。

8、 駐站部落客：歡迎網路部落客針對公共議題的文章，同意讓《蓬萊島雜誌.net》同步刊登，並轉載於紙本的週報上，讓更多的人可以分享閱讀。

9、 頭家心聲：相當於一般刊物的「民意論壇」或「言論廣場」，不但接受讀者投書，也接受讀者查詢的要求。

10、映象寫真：設定主題徵求網友提供相關的照片。例如：517大遊行、黃絲帶活動、以及所有能夠凸顯台灣主體意識的主題。

※《蓬萊島雜誌.net》暫訂9月9日復刊，並自8月下旬開始試運轉，歡迎大家自9月1日起開始提供相關的資訊與稿件。